Через 2 года с того момента, как Мотоко Кусанаги покинула 9 отдел, в 2032 году, новым лидером команды был назначен Тогус. 9 отдел расширили и сейчас он занимается многими сложными делами. Одним из таких дел становится расследование действий хакера, имеющего кличку Кукловод, который, по мнению детективов, причастен к целому ряду событий. Но команде сыщиков удается профессионально объединить все улики и воссоздать цельную картину преступлений. Вокруг Сообщества стабильной государственности остается множество нераскрытых тайн