Спустя какое-то время после расформирования "9-й отдел" создан заново. В Японии появляется новая группа под названием "11". Она борется за предоставление беженцам на острове Дэдзима определенных прав. Идеология их лидера Хидэо Кудзэ основана на фиктивном эссе Патрика Сильвестра. 9-й отдел должен нейтрализовать деятельность этой группы и навести порядок в Дедзиме. Но задание сильно усложняется, когда выясняется, что майор Мотоко Кусанаги была когда-то знакома с Кудзэ...