События в аниме разворачиваются в 2027 году, спустя год после окончания безатомной четвертой мировой войны. В Ньюпорт-Сити взрывается бомба, убивая торговца оружием, у которого могут быть связи с таинственной организацией 501. Сотрудник службы безопасности Арамаки нанимает хакера Мотоко Кусанаги помочь ему разобраться в этом деле.
Но детектив Тогуса, расследующий серию убийств проституток, которые, как он полагает, связаны с происшествием, полагает, что Кусанаги сама – преступник. Кроме того, за Кусанаги следит и полковник из организации 501.