Корабль-мир «Сидония» бороздит Вселенную в поисках нового дома для человечества. Чудовищные пришельцы-Гауна, погнавшие землян в путь, преследуют корабль и в глубоком космосе. Рыцари-пилоты, управляющие роботами-Стражами, пока что защищают корабль от прямых угроз, но медленно проигрывают войну. Нагатэ Таникадзэ, когда-то изгой с заброшенных уровней, а теперь один из лучших пилотов, тоже это понимает, потому что боевые товарищи погибают один за другим, а на любые технические новшества враг тут же находит ответ.