Далёкое будущее... Глубокий космос.
Космический корабль «Сидония» летит в бескрайней пустоте вот уже десять веков с момента гибели Солнечной системы. Огромные, почти неуязвимые, инопланетные монстры, разрушившие колыбель человечества, по-прежнему преследуют его остатки. За долгие годы бегства жизнь сильно изменилась. Клонирование, генетические модификации стали обычным делом. Нагатэ Таникадзе родился уже здесь, под толстой сверкающей бронёй обшивки, глубоко в недрах корабля. Его судьба — стать пилотом и защищать последнее пристанище человечества.