История начинается в идеальном городе "№.6" в 2013 году. Когда Сиону было два года, его отнесли к имеющим "наивысший интелект" людям и позволили жить в элитном районе "Кронос"
На его двенадцатый день рождения Сион встречает мальчика Нэзуми(Крыс), сбежавшего из заключения. Сион помог ему, но в ответ Бюро Общественной безопасности лишило Сиона всех привилегий и изгнало его из Кроноса в "Потерянный Город"
Спустя четыре года после изганния таинственный инцидент приводит Сиона к секрету города №.6